2、先天性陰莖扭轉。陰莖扭轉時，尿道口方向改變。少數人可有勃起時的隱痛等癥狀。本癥還容易合并異常勃起。
3、雙陰莖。可平行排列或前后排列。
4、潛伏陰莖。因發育短小，而被會陰、陰囊、恥骨等處的脂肪所掩蓋，隨著發育過程中脂肪減少，陰莖才暴露出來。也可以通過整形手術把陰莖"解放"出來，就能恢復正常了。
5、尿道上裂和下裂。后者多見，前者少見，對勃起功能有影響，造成男性不育。
6、包莖。可占男孩的25%以上，但成年人包莖明顯少于青少年。可分為生理性包莖、假性包莖(包皮過長)、真性包莖和嵌頓包莖。
7、陰莖過大或過小。罕見。過大時可作整形術截短。過小的病因復雜，需針對病因適當處理。
8、如果包皮與龜頭粘連，或包皮有橫向走行的血管，或包莖嚴重而從不翻起清洗的話，都可能限制龜頭的發育，甚至出現包皮垢與尿中沉淀物、細菌等構成的硬疙瘩。
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