1、局部損傷：小結石活動度大，局部損傷較輕。大而固定的結石，可使腎盞、腎盂上皮細胞脫落，出現潰瘍、纖維組織增生，以致間質纖維化。移行上皮長期受結石刺激后，可發生鱗狀上皮變性，多年后右引起鱗狀上皮癌。結石常損傷血管，引起血尿。
2、尿路梗阻：一般可造成梗阻以上部位積水。結石的梗阻通常是不完全性梗阻，若雙側輸尿管或尿道梗阻則可出現尿閉，嚴重者發展為尿毒癥。 腎積水常見癥狀體征為腹塊、慢性腰背酸脹、難治性頑固性的尿路感染、不明原因的低熱，在兒童主要出現間歇性腹塊與多尿。在雙腎積水腎功能減退時出現貧血。 尿毒癥是腎功能衰竭晚期所發生的一系列癥狀的總稱。慢性腎功能衰竭癥狀主要體現為有害物質積累引起的中毒和腎臟激素減少發生的貧血和骨病。早期最常見的是惡心、嘔吐食欲減退等消化道癥狀。進入晚期尿毒癥階段后，全身系統都會受累，出現心力衰竭、精神異常、昏迷等嚴重情況，危及生命。
3、感染：結石合并的感染，在結石排出或取出前，是很難治愈的。這種感染可發生腎盂腎炎、腎積膿、腎周圍炎及腎周圍膿腫和膀胱炎等。值得注意的是，感染可進一步加速結石的增長和腎實質的損害。急性期表現為發熱，反復出現的尿路刺激癥狀如尿頻尿急尿痛等，常伴有乏力、食欲不振、腰酸痛等。亦可出現多尿、夜尿增多、低血鉀、低血鈉或慢性腎小管性酸中毒。晚期可因腎功能損害而出現尿毒癥癥狀。
4、腎組織為脂肪組織代替：輸尿管結石發生腎盂腎炎時，腎組織破壞后可為脂肪組織所代替。進而導致腎功能下降，可發展為腎功能衰竭、尿毒癥。
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