一、慢性腎衰。是男性尿道炎的并發癥之一。尿道炎得不到有效的治療可能引發其他的病癥，因為尿道炎最主要也是最大的特點是很容易慢慢轉為慢性，嚴重者可引起慢性腎衰竭。據最新資料統計，25%的慢性腎衰由尿道炎引起。
二、導致膀胱炎。尿道炎還可能引起膀胱炎、前列腺炎等并發癥。由于大量細菌隱伏于尿道內的從而進入尿道隱窩，尿道旁腺，尿道球部，前列腺及精囊部，輸精管，附睪及睪丸，引起膀胱炎、前列腺炎、發尿道旁膿腫、尿道瘺等一系列并發癥，對于男性生殖健康有非常大的損傷。
三、造成性功能障礙。嚴重時會引起男性不育癥的出現。男性尿道炎可能引發不育，因為不育主要是尿道炎導致尿引發道口狹窄和射精功能障礙，可直接影響尿道的上皮，在感染的局部形成疤痕，這種情況嚴重時可造成排尿困難，同時也可以造成射精障礙，導致不育。資料統計，性功能障礙、不育患者近80%都與尿道炎的病變有關。
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