慢性腎盂炎的癥狀較急性期輕，有時可表現為無癥狀性尿。半數以上患者有急性腎盂炎既往史，其后有乏力、低熱、厭食及腰酸腰痛等癥狀，并伴有尿頻、尿急、尿痛等下尿路刺激癥狀。急性發作表現也時出現。以往將病程超過半年或1年者樂為慢性腎盂炎，近年來提出腎盂腎盞有瘢痕形成，靜脈腎盂造影見到腎盂腎盞變形、積水、腎外形不光滑，或二腎大小不等才稱慢性腎盂炎。
可有腎小管功能損害，如濃縮功能減退，低滲、低比重尿，夜尿增多及腎小管性酸中毒等。至晚期，可出現腎小球功能損害，氮質血癥直至尿毒癥。腎性高血壓很多由慢性腎盂炎引起，一般認為患者高腎素血癥及一些縮血管多肽的釋放和血管硬化、狹窄等病變有關。少數患者切除一側病腎后，高血壓得以改善。
慢性腎盂炎時臨床表現復雜，容易反復發作，其原因為：
①誘發因素的存在；
?、谀I盂腎盞粘膜、腎乳頭部因瘢痕變形，有利于致病菌潛伏；
?、坶L期使用抗生素后，細菌產生了耐藥性，或進入細胞內，使抗生素失去殺菌能力；
④在體液免疫或抗生素作用下，細菌胞膜不能形成，以原漿質形式存在，在髓質滲環境下仍有生命力，故一旦環境有利，重新生長胸膜并繁殖再毒辣，此即原漿型菌株（L型）。所以，慢性腎盂炎被認為是較難根治而逐漸進展的疾病。
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