一、先天性無陰莖畸形
本病是因生殖結節發育不全所致。先天性無陰莖畸形患者經常是短命的。對于能夠成活下來的病人來說，最好的治療方法是轉回為女性，其手術包括睪丸切除及外陰成形等。
二、隱匿陰莖畸形
本病多見于肥胖體型的人(陰囊腫大造成者除外)。病人常因肥胖導致陰莖發育異常，出現包莖及陰莖發育短小等癥。隱匿陰莖畸形治療方法是進行綜合性減肥治療，必要時可實施陰莖成形術并輔以內分泌治療。兒童患者應盡量在青春期前完成手術。
三、雙陰莖畸形
本癥是因胚胎期陰莖始基發育障礙所引起的，常合并其他畸形，如雙膀胱、雙直腸以及肛門、脊柱等部位的畸形。雙陰莖畸形治療比較簡單，可保存較粗壯的一側而將另一側切除。
四、小陰莖畸形
一般以為，新生兒陰莖的長度小于1cm，進進青春期后陰莖長度小于5cm，直徑亦較小，但尿道及開口正常者，即稱為小陰莖畸形。利用微創手術通過改變陰莖淺懸韌帶和深懸韌帶，使生殖器官增長變粗，已達到整形目的
大陰莖畸形者的陰莖長度和直徑均較正常者大，國內曾報道有陰莖長度達18cm，根部直徑達3.5cm，陰莖頭長3.5cm，頭部直徑達5.5cm者。大陰莖畸形病人還經常合并內分泌系統的其他疾病。 治療這種病人一般是采用部分切除陰莖海綿體的縮小手術。
六、蹼狀陰莖畸形
蹼狀陰莖，是指陰莖皮膚全長附著于陰囊，而使陰莖無法勃起并影響排尿的一種畸形，一些病人還合并尿道下裂或性別畸形。蹼狀陰莖畸形可根據具體情況選擇陰莖成形術或尿道下裂修補術進行治療。
七、陰莖的彎曲畸形
先天性陰莖彎曲，是因陰莖海綿體發育障礙所引起的畸形，陰莖呈向股側彎曲。Devine(1973)根據病變組織的部位與性質將先天性陰莖彎曲劃分為三型，即：尿道海綿體及其四周筋膜缺如型、Buck筋膜與白膜發育不良型和內膜發育不良型，其中的尿道海綿體缺如型的彎曲最為嚴重。本病病人的主要癥狀是陰莖彎曲，同時伴有排尿及性生活障礙。陰莖的彎曲畸形治療方法主要是實施包括切除影響陰莖伸直組織在內的陰莖整形術。
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