先天性無陰莖畸形
本病是因生殖結節發育不全所致。此種病人除無陰莖外，還可能合并其他泌尿生殖器、直腸與肛門、心血管系統以及下肢畸形。
因此，病人常常是短命的。對于能夠成活下來的病人來說，最好的治療方法是轉歸為女性，其手術包括睪丸切除及外陰成形等。
隱匿陰莖畸形
本病多見于肥胖體型的人(陰囊腫大造成者除外)。病人常因肥胖導致陰莖發育異常，出現包莖及陰莖發育短小等癥，除影響排尿外，對性生活影響也較大。
診斷此類病人，應注意與小陰莖和無陰莖者相鑒別。其治療方法是進行綜合性減肥治療，必要時可實施陰莖成形術并輔以內分泌治療。兒童患者應盡量在青春期前完成手術。
雙陰莖畸形
本癥是因胚胎期陰莖始基發育障礙所引起的，常合并其他畸形，如雙膀胱、雙直腸以及肛門、脊柱等部位的畸形。因此，對雙陰莖畸形要做全面的體格檢查，以得出全面的診斷。
治療單純性雙陰莖畸形比較簡單，可保留較粗壯的一側而將另一側切除。
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