1、分離培養：涂片檢查陰性的患者，可進行念珠菌培養。在無菌條件下將受檢標本接種于沙氏培養基上，患者接種時將試管培養基斜而割破少許，每管接種2-3處，每份標本接種2管。將培養基放入37℃溫箱內孵育24-48小時后觀察，可以看見大量乳白色菌落生長，用接種針挑取少量菌落涂片，直接鏡檢或染色后鏡檢，可見大量芽孢子，可初步診斷為念珠菌感染。
2、念珠菌抗體檢查：用免疫雙擴法或膠乳凝法可檢出白色念珠菌抗體。
3、檢查化驗：念珠菌性龜頭炎(包皮炎)可在病變的龜頭、包皮上取材鏡檢或培養可找到念珠菌。滴蟲性龜頭炎可在分泌物上找到滴蟲。
4、直接鏡檢：刮取陰莖龜頭、冠狀溝或包皮處皮損表面鱗屑作為待檢標本。將待檢標本用10%氫氧化鉀或生理鹽水制片，通過鏡下可見成群的卵園形孢子和假菌絲，如找到較多的假菌絲時，說明念珠菌處于致病階段。
5、染色檢查：也可用革蘭染色法，剛果紅染色或PAS染色法染色后鏡檢，其陽性率均比直接鏡檢法高。革蘭染色、孢子和假菌絲染成蘭色：剛果紅和PAS染色，孢子和假菌絲則染成紅色。
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